Rendahnya target capaian PSR dalam 5 tahun terakhir, menghadapi tantangan dari berbagai aspek. Sebagian besar terkendala pada pelaksanaan di lapangan/provinsi yang memiliki struktur organiasi berjenjang sehingga proses akselerasi yang diharapkan Pemerintah Pusat memakan waktu lebih lama. Adapun tantangan tersebut diantaranya :